提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
2023赛季F1赛历公布:新赛季于3月5日在巴林揭幕******
中新网1月18日电 北京时间17日晚,F1官方公布了2023赛季赛历。据悉,2023赛季包含了23场大奖赛,比赛时间从3月覆盖到11月。在公布的赛历中,于美国举办的大奖赛场次最多。新赛季F1将于3月5日在巴林拉开大幕。
图片来源:F1世界一级方程式锦标赛官方微博去年9月,阿尔法·罗密欧F1车队ORLEN宣布与中国车手周冠宇续约,后者将继续征战2023赛季F1。
作为历史上首位征战一级方程式的中国车手,上赛季巴林大奖赛,周冠宇在首秀中便赢得积分。
阿尔法·罗密欧车队领队弗雷德里克·瓦塞尔表示:“我很期待继续与周冠宇一起合作。从去年车队在阿布扎比测试的第一天开始,他的工作态度就让我印象深刻,他是一个积极的人。他是一个非常友善的人,车队里每个人都喜欢他的个性和态度。他总是很谦虚,会向工程师和博塔斯提问和学习,并且会学以致用来帮助他的比赛。”(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎) [责编:天天中] 阅读剩余全文() |